Ngày 17/5/2017 Thủ tướng Chính phủ ban hành Chỉ thị số 20/CT-TTg về việc chấn chỉnh hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp. Thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng lần thứ XII và các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2016 - 2020, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nghiêm túc quán triệt và chỉ đạo chặt chẽ công tác thanh tra thuộc phạm vi quản lý nhà nước được giao theo đúng quy định của Luật Thanh tra, Nghị định số 86/2011/NĐ-CP ngày 22 tháng 9 năm 2011 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra, Thông tư số 01/2014/TT-TTCP ngày 23 tháng 4 năm 2014 của Thanh tra Chính phủ quy định việc xây dựng, phê duyệt định hướng chương trình thanh tra, kế hoạch thanh tra và đặc biệt là Nghị quyết số 35/NQ-CP ngày 16 tháng 5 năm 2016 của Chính phủ về hỗ trợ và phát triển doanh nghiệp đến năm 2020; trong đó, cần tập trung chỉ đạo thực hiện tốt các nội dung sau đây:

 Khi xây dựng, phê duyệt kế hoạch thanh tra hàng năm không để xảy ra tình trạng thanh tra, kiểm tra quá 01 lần/năm đối với doanh nghiệp; trường hợp kế hoạch thanh tra trùng lặp, chồng chéo với hoạt động kiểm toán nhà nước thì chủ động phối hợp, trao đổi với Kiểm toán nhà nước, Thanh tra Chính phủ để thống nhất phương án xử lý theo quy định hiện hành, đảm bảo sự kế thừa kết quả thanh tra, kiểm toán, không làm cản trở hoạt động bình thường của doanh nghiệp. Cần tiến hành rà soát, điều chỉnh kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt theo tinh thần trên.

Chỉ đạo tiến hành các cuộc thanh tra theo đúng định hướng, kế hoạch thanh tra đã phê duyệt; nội dung thanh tra phải giới hạn trong phạm vi quản lý nhà nước được giao; chủ động kiểm tra, đánh giá và điều chỉnh kế hoạch thanh tra khi cần thiết theo hướng không làm tăng số cuộc thanh tra; ban hành kết luận thanh tra phải đúng thời hạn theo quy định.

Trường hợp thanh tra, kiểm tra đột xuất khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chỉ ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm rõ ràng; kết luận thanh tra, kiểm tra phải xác định rõ tính chất, mức độ vi phạm. Người ra quyết định thanh tra, kiểm tra; trưởng đoàn thanh tra, kiểm tra; công chức thanh tra chuyên ngành phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kết luận, làm rõ nguyên nhân, mức độ vi phạm và việc xử lý đối với cá nhân, tổ chức có liên quan theo các dấu hiệu đã được xác định là căn cứ để ra quyết định thanh tra, kiểm tra đột xuất. Không mở rộng phạm vi thanh tra, kiểm tra vượt quá nội dung của quyết định thanh tra, kiểm tra đột xuất.

Trường hợp phát hiện thấy nội dung, phạm vi thanh tra có chồng chéo, trùng lặp với cơ quan thực hiện chức năng thanh tra khác hoặc Kiểm toán  nhà nước, Thủ trưởng cơ quan tiến hành thanh tra phải báo cáo ngay với Thủ trưởng cơ quan hành chính cùng cấp, cơ quan thanh tra cấp trên và cơ quan, đơn vị có liên quan để có giải pháp phù hợp tránh chồng chéo, trùng lặp và đảm bảo tính kế thừa trong hoạt động giữa các cơ quan, đơn vị.

Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phải tăng cường kiểm tra việc thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra của các cơ quan có chức năng thanh tra, kiểm tra trong phạm vi quản lý nhà nước của mình; kịp thời phát hiện, xử lý chồng chéo, trùng lặp theo thẩm quyền về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra, kiểm tra; xử lý trách nhiệm đối với cơ quan, đơn vị, cá nhân để xảy ra tình trạng trùng lặp, chồng chéo.

Tổng Thanh tra Chính phủ phải tăng cường kiểm tra việc thực hiện kế hoạch thanh tra của các bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nhằm kịp thời phát hiện, xử lý chồng chéo, trùng lặp về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra theo thẩm quyền;  kiến nghị xử lý trách nhiệm đối với cơ quan, đơn vị, cá nhân để xảy ra tình trạng trùng lặp, chồng chéo.

Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, Thủ trưởng cơ quan thực hiện chức năng thanh tra, kiểm tra và các cá nhân có liên quan để xảy ra tình trạng chồng chéo, trùng lặp; quyết định thanh tra, kiểm tra thiếu căn cứ, không ban hành được kết luận thanh tra, kiểm tra theo các dấu hiệu vi phạm thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm phải bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật hiện hành.

Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các cơ quan, tổ chức có liên quan chịu trách nhiệm thi hành Chỉ thị này, thường xuyên thông báo và định kỳ hàng quý báo cáo kết quả về Thanh tra Chính phủ.